A relação entre a Polícia Federal e o Supremo Tribunal Federal passou a ser marcada por atritos nas investigações sobre o caso do Banco Master e as fraudes no Instituto Nacional do Seguro Social, o INSS. Os dois processos têm como relator o ministro André Mendonça. Nos bastidores, integrantes ligados ao diretor-geral da PF, Andrei Rodrigues, avaliam que decisões do gabinete do ministro reduziram o acesso da corporação a informações sigilosas e apontam uma aproximação maior entre Mendonça e a Procuradoria-Geral da República, a PGR. Do outro lado, auxiliares do ministro demonstram insatisfação com a forma como a PF conduziu as propostas de delação apresentadas por Daniel Vorcaro, dono do Banco Master, acordos que foram recusados tanto pela corporação quanto pela PGR.
A cobertura de centro relatou que o episódio mais recente de tensão envolveu uma operação da PF que apontou ligação do caso Master com o senador Jaques Wagner, do PT da Bahia, então líder do governo no Senado. Interlocutores de Rodrigues afirmaram que a direção da instituição teria sido surpreendida pela medida, enquanto pessoas próximas a Mendonça negaram a versão e disseram que a comunicação sobre operações segue critérios internos. O ruído já existia desde que Mendonça assumiu a relatoria do caso, após a saída do ministro Dias Toffoli. Uma de suas primeiras decisões foi autorizar o compartilhamento de dados apreendidos, mas com regras estritas de preservação de sigilo, justificadas, segundo o ministro, por entendimentos já adotados em outros processos, incluindo as apurações sobre o INSS.
É na leitura desses fatos que as coberturas divergem. Veículos de esquerda destacaram que as decisões partiriam de uma tentativa de fragilizar Rodrigues, considerado próximo do presidente Lula, e de reduzir o papel da cúpula da PF; sob esse ângulo, as restrições de acesso e a aproximação com a PGR seriam manobras para driblar a corporação. Já a leitura mais próxima do gabinete do ministro, que poderia ser enfatizada por veículos de direita ao valorizar o controle institucional, sustenta que o STF não conduz as investigações: o relator apenas decide sobre pedidos apresentados pela própria PF e avaliados pela PGR, e as regras de sigilo seriam salvaguardas de inquéritos sensíveis. Outro ponto de desgaste foi a decisão do Ministério da Justiça de convocar policiais federais cedidos a tribunais e outros órgãos, medida apresentada como reforço no combate ao crime organizado, mas interpretada por integrantes do STF como possível reação ao ministro. O governo negou qualquer intenção de interferência.
O que ainda não se sabe é o conteúdo concreto das delações recusadas de Vorcaro, o alcance exato das regras de sigilo impostas por Mendonça e se a convocação de policiais cedidos atingirá os delegados que atuam na própria Corte. Nenhuma das instituições divulgou posição oficial nominal sobre o atrito, e o relato se apoia, em grande parte, em interlocutores anônimos das duas partes.